El Programa de Doctorado en Oceanografía forma especialistas en el estudio integrado del océano con una sólida formación en las cuatro áreas fundamentales de la oceanografía: biológica, física, química y geológica, con especialización en una de estas áreas básicas a través de la tesis de grado. Esta formación aspira a proveer a el/la estudiante las herramientas necesarias para desarrollar investigación independiente y participar en la formación de estudiantes de pregrado y postgrado en ambientes académicos. El entrenamiento científico les permitirá además liderar proyectos de asistencia técnica que involucren el estudio integrado del ambiente marino.

El Programa está enfocado en la formación de doctores en todas las áreas de la oceanografía. La oceanografía biológica es la más desarrollada e incluye líneas de investigación en ecología pelágica y bentónica, oceanografía pesquera, biología de poblaciones, genética de organismos marinos y acuicultura. Las áreas de investigación en oceanografía física son, entre otras, ondas internas, sensores remotos, instrumentación marina y mecánica de fluidos. En oceanografía química, las principales áreas de investigación son geoquímica orgánica marina, ciclos biogeoquímicos en la columna de agua y sedimentos, radioquímica, química de productos naturales, flujos de materia orgánica hacia la interfase agua-sedimentos. En Oceanografía geológica la investigación está orientada hacia el transporte de sedimentos y paleoceanografía.